測(cè)序平臺(tái)：GenoLab M、NextSeq 500、NovaSeq 6000

樣本信息：人源細(xì)胞系標(biāo)準(zhǔn)品（NA12878）

解讀鏈接：

https://mp.weixin.qq.com/s/6Htb78TVanj37cufbZc48g

測(cè)序平臺(tái)：NovaSeq 6000、NextSeq 550、GenoLab M、FASTASeq 300、SURFSeq 5000

樣本信息：腫瘤樣本HD832和正常樣本HG001

解讀鏈接：

https://mp.weixin.qq.com/s/25Qy3kuGe0gZ0R-_SUK8lw

測(cè)序平臺(tái)：GenoLab M、NextSeq 2000

樣本信息：3例卵巢癌患者的腫瘤組織FFPE樣本

解讀鏈接：

https://mp.weixin.qq.com/s/OieIm6iiFuzUc_9yF7PvLg

測(cè)序平臺(tái)：GenoLab M、NovaSeq 6000、NextSeq 550、MGISEQ 2000、FASTASeq 300、SURFSeq 5000

樣本信息：FFPE標(biāo)準(zhǔn)品HD832、cf DNA和cell line

解讀鏈接：

https://mp.weixin.qq.com/s/sZ7a7FdME-whLxkqniLDiA

文章題目：Accumulation of Endogenous Adenosine Improves Cardiomyocyte Metabolism via Epigenetic Reprogramming in an Ischemia-Reperfusion Model

發(fā)表期刊：Redox Biology

影響因子：11.4

發(fā)表年份：2023

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https://mp.weixin.qq.com/s/wUiX9zEZYZB_OCmfFl7d0Q

文章簡(jiǎn)介：復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院孫愛(ài)軍和葛均波院士團(tuán)隊(duì)研究探討了心臟細(xì)胞中腺苷激酶（ADK）在心肌缺血再灌注（I/R）損傷中的作用，并探索了其作為治療靶點(diǎn)的潛力。通過(guò)抑制ADK，可以導(dǎo)致心肌細(xì)胞內(nèi)腺苷積累，降低DNA甲基轉(zhuǎn)移酶1（DNMT1）的表達(dá)，并引起基因組的低甲基化。此外，ADK敲除還增加了胰島素樣生長(zhǎng)因子-1（IGF-1）的轉(zhuǎn)錄，促進(jìn)心肌細(xì)胞的葡萄糖代謝。研究者構(gòu)建了不同時(shí)間點(diǎn)的I/R小鼠模型，使用GenoLab M測(cè)序儀對(duì)I/R組和對(duì)照組樣本進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。結(jié)果表明：相比對(duì)照組，ADK的表達(dá)在I/R組顯著上調(diào)。通過(guò)ADK相關(guān)通路分析發(fā)現(xiàn)，在I/R組中，ADK、DNMT1和其他代謝相關(guān)基因發(fā)生了顯著變化。

圖2 ADK被發(fā)現(xiàn)是參與I/R期間代謝變化的潛在候選基因

文章題目：Single-Molecule m⁶A Detection Empowered by Endogenous Labeling Unveils Complexities Across RNA lsoforms

發(fā)表期刊：Molecular Cell

影響因子：14.5

發(fā)表年份：2025

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https://mp.weixin.qq.com/s/qyFb7XkT9QgGALCry2TKjw

文章簡(jiǎn)介：中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院王金凱教授研究團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了一種名為m6Aiso的深度學(xué)習(xí)模型，在牛津納米孔直接RNA測(cè)序的單個(gè)讀長(zhǎng)上檢測(cè)m⁶A修飾。訓(xùn)練該深度學(xué)習(xí)模型是基于內(nèi)源性標(biāo)記產(chǎn)生的上百萬(wàn)個(gè)單分子m⁶A陽(yáng)性電信號(hào)。該研究揭示了：1、不同m⁶A位點(diǎn)在單分子上存在距離依賴的連鎖；2、相同的m⁶A位點(diǎn)在不同的異構(gòu)體上也能夠通過(guò)三種不同的機(jī)制產(chǎn)生廣泛的差異；3、轉(zhuǎn)錄因子SMAD3在上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化過(guò)程選擇性調(diào)控m⁶A，與SMAD3結(jié)合的啟動(dòng)子異構(gòu)體的m⁶A顯著上調(diào)，形成異構(gòu)體特異的m⁶A調(diào)控。m6Aiso技術(shù)為研究m⁶A修飾的復(fù)雜性和動(dòng)態(tài)變化提供了新的工具，為理解m⁶A在異構(gòu)體上的復(fù)雜性提供了新的視角。此外，研究者還采用真邁生物的SURFSeq 5000平臺(tái)完成了A549細(xì)胞系的GLORI測(cè)序，為m6Aiso 在多個(gè)細(xì)胞系中的準(zhǔn)確性評(píng)估提供了有力的支撐，同時(shí)也反映了SURFSeq 5000平臺(tái)進(jìn)行二代高通量測(cè)序具有高度的可靠性。

圖4 m⁶A在單reads上的內(nèi)源性標(biāo)記和m6Aiso在單分子水平上的結(jié)果評(píng)價(jià)

文章題目：Improving Seed Shattering Resistance in Wild O. alta?Rice with Mesoporous Silica Nanoparticle Delivery Systems

發(fā)表期刊：Nano Letters

影響因子：9.6

發(fā)表年份：2024

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https://mp.weixin.qq.com/s/GsXpfZvKzK18Mg7W6gx16Q

文章簡(jiǎn)介：國(guó)家納米科學(xué)中心曹宇虹研究員團(tuán)隊(duì)通過(guò)介孔二氧化硅納米顆粒遞送系統(tǒng)（MSNs）對(duì)四倍體野生稻（Oryza alta）的落粒性進(jìn)行改良?；谡孢~生物SURFSeq 5000高通量測(cè)序平臺(tái)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果，研究團(tuán)隊(duì)分析了落粒相關(guān)基因沉默后細(xì)胞壁和纖維素合成相關(guān)基因轉(zhuǎn)錄組水平變化，發(fā)現(xiàn)落粒相關(guān)基因SH02表達(dá)下調(diào)，木質(zhì)素沉積相關(guān)基因CAD2、CCR19、PAL1、COMT表達(dá)上調(diào)，差異基因的GO富集與細(xì)胞壁的定位和纖維素的合成相關(guān)。通過(guò)進(jìn)一步的分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)，證實(shí)了落粒相關(guān)基因的沉默顯著減少了水稻籽粒與小穗之間的離層形成，增強(qiáng)了小穗的抗拉強(qiáng)度。本研究證實(shí)MSN-siRNA遞送系統(tǒng)是一種靈活、有效的作物性狀改良方法，為實(shí)踐可持續(xù)農(nóng)業(yè)發(fā)展提供了一個(gè)有前景的工具。

圖6 MSN-siRNA遞送系統(tǒng)

文章題目：Hybrid sequencing for detailed genetic characterization of human adenoviruses

發(fā)表期刊：Scientific Reports

影響因子：3.8

發(fā)表年份：2024

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https://mp.weixin.qq.com/s/UZSVH0ka47G2WaLlymwwGw

文章簡(jiǎn)介：湖北省疾病預(yù)防控制中心基于真邁生物FASTASeq 300和ONT MinION Mk1C測(cè)序平臺(tái)，對(duì)26例腺病毒（HAdV）陽(yáng)性的上呼吸道感染患者樣本進(jìn)行了測(cè)序并深入分析。通過(guò)ONT長(zhǎng)讀長(zhǎng)和FASTASeq 300短讀長(zhǎng)測(cè)序的混合組裝，成功獲得32條完整組裝的HAdVs基因組，并對(duì)其進(jìn)行了全方位剖析，為HAdVs流行病學(xué)調(diào)查及公共衛(wèi)生安全提供了新的見(jiàn)解。研究者發(fā)現(xiàn)，結(jié)合長(zhǎng)讀長(zhǎng)和短讀長(zhǎng)的雜交測(cè)序，可以獲得準(zhǔn)確的HAdVs基因組，并且發(fā)現(xiàn)潛在的共感染。

圖7 HAdVs全基因組進(jìn)化樹(shù)及多樣性分析