01?轉(zhuǎn)錄組揭示不同鈣濃度下肝胰臟基因表達(dá)
為了闡明不同鈣濃度下羅氏沼蝦換殼的遺傳調(diào)控機(jī)制,該研究對(duì)羅氏沼蝦肝胰腺樣本進(jìn)行了RNA-seq分析。差異分析表明, 145 mg/L組大多數(shù)差異基因上調(diào)(圖1B)。145 mg/L組 VS 25 mg/L組、85 mg/L組 VS 145 mg/L組中鑒定的差異基因數(shù)量大約是85 mg/L組 VS 25 mg/L組、205 mg/L組 VS 25 mg/L組、145 mg/L組 VS 205 mg/L組比較中鑒定的差異基因數(shù)量的2倍(圖1C)。在5個(gè)比較組中,共有18、19、17、24和22個(gè)KEGG通路被顯著富集,如MAPK信號(hào)通路(ko04010)和Wnt信號(hào)通路(ko04310)。代謝途徑(ko01100)是兩兩比較中檢測到的共有通路,除145 mg/L組和205 mg/L組比較外,4組均檢測到溶酶體信號(hào)通路。有趣的是,鈣信號(hào)通路(ko04020)和溶酶體通路(ko04142)在85 mg/L組和145 mg/L組的比較中被顯著富集(圖1D),鈣信號(hào)通路在205 mg/L組和25 mg/L組的比較中也被顯著富集。
圖1?兩兩比較羅氏沼蝦4組間差異表達(dá)基因的數(shù)量
02?轉(zhuǎn)錄組揭示外源補(bǔ)鈣對(duì)蝦蛻皮調(diào)控關(guān)鍵基因
為了進(jìn)一步篩選出蛻皮調(diào)控的關(guān)鍵候選基因,該研究對(duì)溶酶體和鈣信號(hào)通路中的差異基因進(jìn)行了篩選和聚類(圖2A)。聚類分析表明,145 mg/L組與其他組相比具有特定的基因表達(dá)模式,205 mg/L組的基因表達(dá)趨勢(shì)與對(duì)照組相似。145 mg/L組鞘磷脂磷酸二酯酶、組織蛋白酶D、組織蛋白酶L、組織蛋白酶B單鈣轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白和腺嘌呤核苷酸轉(zhuǎn)位酶等基因的表達(dá)水平在中上調(diào),而外源性類固醇調(diào)節(jié)樣蛋白的表達(dá)受到抑制。溶酶體途徑中的ERP抑制蛻皮激素的產(chǎn)生。此外,鞘磷脂磷酸二酯酶、組織蛋白酶D、組織蛋白酶L、組織蛋白酶B等基因位于溶酶體通路的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn),其表達(dá)水平上調(diào)會(huì)調(diào)節(jié)溶酶體中的鈣通道(圖3)。
圖2?鈣調(diào)控羅氏沼蝦蛻皮的遺傳途徑概述
為了揭示4組的基因表達(dá)動(dòng)態(tài),使用TCseq對(duì)所有差異進(jìn)行表達(dá)趨勢(shì)分析,并根據(jù)4組的基因表達(dá)趨勢(shì)選擇兩個(gè)聚類(圖3B)。聚類1顯示1461個(gè)差異基因聚集在一起,145 mg/ L組基因表達(dá)量最高。KEGG富集分析表明,差異基因在“氧化磷酸化”(ko00190)中顯著富集。隨著鈣濃度的升高,簇2整體呈上升趨勢(shì)。KEGG富集分析顯示,基因主要富集于“Rap1信號(hào)通路”(ko04015)和“FoxO信號(hào)通路”(ko04068)。
圖3?參與溶酶體和鈣信號(hào)通路的差異基因熱圖